DNA match och etnicitet

[Hans Jönsson]

Hej!

Jag måste fråga om hur delad DNA match hänger ihop med delad etnicitet. Jag har antingen missförstått något eller så gör MyHeritage.se något fel.

Från en DNA träff. Se bifogad bild DNA_match

61 cM delat dna och 18,8 cM som största segment.

Utifrån denna information så har jag fått för mig att och Janet någonstans delar etnicitet. Rätt eller fel?

Öppna nu bild Etnic.

Bilden berättar att vi inte delar någon etnicitet alls.

Vad är detta?

Mvh
Hans Jönsson

[Marcus Boman]

Mejla och fråga.

Kanske rör det sig om två helt olika analyser, en för att uppskatta släktskapet mellan två individer, en annan för att uppskatta etnicitets-/populationstillhörigheten för en person?

Som du visar med den bifogade bilden verkar det inte finnas direkta överlapp. Företag som 23andMe och FTDNA, om jag minns rätt, brukar ha en restgrupp eller en övrig grupp där alla segment som de inte kunde tillskriva någon etnicitet/population hamnar i. Har inte MyHeritage en sådan grupp?

Sedan, etnicitet/populationsuppskattningar får man nog ta med en väldigt stor nypa salt än så länge. Resultatet kan också bli ganska så annorlunda efter en uppdatering av verktyget i fråga (fler referenspopulationer, större referenspopulationer, andra analysmetoder med mera). Framförallt så när det gäller småvärden.

Avslutningsvis får man väl inte glömma att vi alla är släkt med varandra på något sätt även om detta konstaterande inte alls är speciellt givande i just genealogi-genetik-relaterade frågor som mer berör de senare århundradena.

[Hans Jönsson]

Hej Marcus!

Tack för ditt svar.

MyHeritage säger följande om deras Delade Etniciteter:
Delade etniciteter är regioner där du och din DNA matchning sannolikt har gemensamma fäderneärvda ursprung. Dessa regioner kan ge dig några ledtrådar om gemensamma förfäder.

Jag vet inte om MyHeritage har någon restgrupp. Om de har en sådan borde de presentera det som okänd eller något men det gör de inte.

Enligt deras mätning har vi förutom de 18.8 cM 5 andra segment som är gemensamma.

Tyvärr är det inte enkelt att få tag på upplysningar hur de mäter eller ens få hur långt bak i tiden etnicitetmätningen sträcker sig i tid.
(Som du säger är vi alla från början släkt men inte från Europa som både jag och Janet är. Allt började ju i Afrika.)

Ancestry säger att deras att i deras etnicitetstest kan man mäta ursprung upp till 500 år bak i tiden.
Det, är om jag inte minns fel, är vårt gemensamma DNA (61, 18.8 cM gemensamt) tillräckligt högt för att vara "säker" träff.
Enligt en relationskarta kan Janet som "längst bort" vara ana till min farfars farfar fars barn.
I mitt träd blir det en ana ca 200 år bak i tiden (ana födda tidigt 1800 tal).

Det matchar tiden för den stora utvandringen till Amerika (1850-1914) och DNA matchen kan mycket väl vara orsak till vi är släkt.

Men om vi går tillbaks till att vi som "längst bort" vara ana till min farfars farfar fars barn så borde den etniska mätningen ge utslag eftersom en sådan mätning innefattar, enligt Ancestry, de 500 senaste åren.

Jag hoppas att jag inte ställer till det när refererar till olika aktörer men det är svårt att hitta vad det är dessa redovisar.


Mvh
Hans Jönsson

[Marcus Boman]

Mindre lyckat av svensksidorna av MyHeritage att använda ordet "förfader", "förfaderliga", "förfäder". Stor risk att kunder tror att det bara har med fädernet att göra.

Vore nog bättre med att behålla det engelska order "ancestor", "ancestral", "ancestors" (svengelska: ancestorer?) eller leta på ett mer könsneutralt motsvarande svenskt ord (ana, förperson, ursprung eller liknande) så att användare förstår att det kan handla om alla eller nästan alla grenar på trädet (i alla fall många grenar) tillbaka i tiden när det gäller etnicitetsuppskattningen.

Tror också du menar ättling där du skriver ana. Kan det stämma? Janet är väl din DNA-kusin och sannolikt är ni båda ättlingar till någon (/några) gemensam (/gemensamma) ana (/anor) och då inte nödvändigtvis på just fädernelinjen.

Borde finnas någon "därute" i alla fall på någon engelsk/amerikansk internetsida som vet mer om MyHeritages metoder eller vilka "växlar man kan dra på" när man försöker tolka etnicitetsresultatet. Synd i alla fall att de (MyHeritage) inte kan vara mer förklarande.

[Mats Ahlgren]

Det finns ingen direkt koppling mellan att jämföra det autosomala testresultatet och det som kallas etnicitet.

Som du ser så delar ni en ganska liten del DNA , det påstås vara 0,8%, men oavsett om det är den siffran eller någon procent mer, så är det ju en stor del som inte är lika.

När företagen beräknar det som de kallar etnicitet och sedan talar om olika spann av år bakåt så finns det knappast något stöd för denna beräkning alls. De jämför ditt DNA med olika referensgrupper och påstår sedan att de kan dra slutsatser av detta. De har ett mindre antal av nu levande personers, som de påstår utgör genomsnittsbefolkningen i en region, som de sedan jämför med ditt, Sedan kollar de mot nästa och nästa. Genom schabloner får defram ungefärlig likhet och sedan sätter de procent på detta. Kan bli hur rätt som helst och även hur fel som helst. Det syns klart när föräldrar och barn får olika utslag, vilket det ju inte borde bli.

Se det som nice to have, men det är inte vetenskapligt.  Din DNA-likhet på det autosomala testet är ett riktigt mått, men där tillkommer sedan tolkningen, hur nära släkt är vi, baserat på längsta block och sammanlagd längd. Där finns det statistiska modeller, men de tar inte hänsym till regionala skillnader, på om det finns många ingiften eller om befolkningen drabbats av sjukdom, krig eller annat som påverkar utfallet. Men som närmevärden duger de, man får bara lära sig hur mycket upp eller ner man ska räkna beroende på den egna släktens historia.

[Anders Klarbring]

Mats! Det skulle vara spännande att titta på de "statiska modeller" du refererar till. Kunde man få be om en referens?

[Mats Ahlgren]

Det får du efterhöra hos respektive företag hur de ser ut. Att de finns beskrivs på deras sidor, men hur de ser ut beskrivs inte :-)

[Anders Klarbring]

Jo det verkar som om mycket är företagshemligt i DNAgenealogi-området. När jag tittar runt ser jag heller inte någon akademisk verksamhet att tala om. Svårt att säga vart vi är på väg, men kanske ska man vara lite vaksam så att självutnämnda auktoriteter som inte utsätts för normal vetenskaplig granskning helt tillåts dominera området?

[Mats Ahlgren]

När det gäller "ancient DNA" så finns det en avsevärd mängd akademisk verksamhet och det finns också ett allt större intresse att inkludera resultaten från de DNA-tester som i första hand utförs ur släktforskningssynpunkt. På samma sätt som vi kan diskutera traditionell släktforskning ur akademisk synpunkt, så kan vi tillfoga DNA-delen men med den skillnaden att DNA-delen väcker större och större intresse.

[Anders Klarbring]

Tack Mats,

Jag håller med om att det verkar finnas en omfattande akademisk verksamhet kring användning av DNA för att tex studera historiska folkomflyttningar och liknande, vilket väl är vad du menar med ”ancient DNA”; om inte annat får jag det intrycket av den populärvetenskap som sipprar ut inte minst i TV. Däremot saknar jag studier riktade mot tolkning av atDNA-släktsamband: hur ska man egentligen se på en FTDNA-träff som anges vara ”3rd Cousin - 5th Cousin” med 64/17 cM? Alla verkar ju vara överens om att angivet intervall ofta inte är riktigt, men vad innebär då i statistiska termer ”ofta inte”? Och om jag för en sådan träff hittar ett samband som pekar på 6:e kusin, vad är då sannolikheten för att jag verkligen hittat orsaken till det delade DNA:t? När nu det statistiska underlaget börjar bli omfattande tycker jag mig här ana utrymme för ett flertal doktorsavhandlingar i matematisk statistik, med koppling till hur biologin faktiskt fungerar; svårighetsgraden är nog över lekmannens nivå. Sedan är det ju som alltid en fråga om att hitta finansiärer för sådan forskning.

[Mats Ahlgren]

Det behövs säkert en hel forskning för att förbättra de förutsägelser som de olika företagen lämnar. Personligen så har jag en släkt där mina fyra far/morföräldrar kommer från olika delar av landet, alla söder om Dalälven, och där det inte finns så många anförluster. De som jag kunnat identifiera hamnar alla inom det förutsagda intervallet, även om det liger i den övre delen, förutom en träff där det finns en par kusingiften som gör att förutsagd 3-4 männing är en fem-männing (om pappersforskningen stämmer).

Det kan bli intressant att studera variationerna, men det finns ju inga säkra svar eftersom vi vet att underlaget från den ena sidan, släktforskning i "papperskällor" i sig innehåller ett antal okända faktorer. Att jämföra DNA-likheten med en pappersforskning som i sig har svagheter blir en utmaning.

[Anders Hjalmarson]

Min uppfattning är att de sannolikhetsberäkningar som gjorts på simulerat data är både mest rättvisande då de saknar släktforskningens felkällor och också utförts med full akademisk metodik och dokumentation. Dessutom har insamlad statistik i allt väsentligt kunnat visa att simuleringarna stämmer med biologin och därmed har även okända biologiska fenomen, som simuleringarna möjligen förbisett, kunnat uteslutas.

[Mats Ahlgren]

Du får gärna visa på några sådana beräkningar.

Jag har lite svårt att förstå hur du kontrollerar biologin utan att veta hur människor hänger ihop och samtidigt beakta slumpen. Men det lär jag mig kanske :-)

[Anders Hjalmarson]

Jag tänker främst på denna:
https://www.ancestry.com/dna/resource/whitePaper/AncestryDNA-Matching-White-Paper

[Hans Jönsson]

Hej Marcus!

Jag uttryckte mig klantigt när jag skrev "ana till min farfars farfar fars barn". Jag menar ättling till vilken kombination av fädrar och mödrar som helst men antalet generationer borde ändå vara rimligt.

Jag läste på myheritages hemsida att de är på väg att publicera fler "etniska zoner".
Jag vet inte vad de menar med detta. Är det helt nya zoner från vita fläckar eller är det zoner i zonerna?

I alla fall har jag ställt den ursprungliga frågan till MyHeritage. Vi får se vad de svarar. Återkommer.

Mvh
Hans Jönsson

[Hans Jönsson]

Hej Marcus!

Här är det ocensurerade svaret från MyHeritage:

MyHeritage använder tre olika parametrar för att beräkna DNA-matchningar: Total mängd delat DNA, antal delade segment och längden på det längsta segmentet. För varje DNA-match kommer du att se tre olika genetiska parametrar så att du kan jämföra mellan matchningar som pekar ut liknande möjliga förhållande:
 
Delat DNA visar hur mycket DNA som överlappar varandra mellan dig och den andra personen. I parentes kan du se längden på totalt delat DNA i centiMorgans (cM) - liknande mätare eller miles, det här är enheten som beskriver längden av DNA-segment. Att se hur mycket delat DNA som du och din match har gemensamt är det enklaste sättet att få en känsla av hur nära relaterade du förmodligen är. Till exempel delar syskon i genomsnitt 50% av deras DNA, och andelen går ner när förhållandet blir mer avlägset.
 
Delade segment: Ett segment är en del av din DNA-sekvens. Du och din DNA Match delar ett visst antal av dessa segment gemensamt, och några av dem är längre än andra. Ditt totala delade DNA med en annan person består av massor av små segment, några stora segment eller en kombination av båda.
 
Största segmentet: Bland de delade segmenten med olika storlek kan längden på det största segmentet du och den andra personen gemensamt hjälpa dig att identifiera sannolikheten för att du faktiskt är relaterad. Ju längre det största segmentet är desto högre är chansen att du är relaterad (t ex ett mycket långt delat segment kan avslöja ett eventuellt förhållande till 1: a 2: e kusin). Titta på längden på det största segmentet är också det enklaste sättet att se skillnaden mellan ett antal matchningar som alla visar samma möjliga relation.
 
Det möjliga förhållandet beräknas utifrån de genetiska resultaten som presenteras för dig. Även om flera DNA-matcher kan tyckas beskriva samma förhållande (t ex 4: e 6: e kusin), kan de i själva verket skilja sig från varandra baserat på de andra parametrarna. Det rekommenderas därför att du granskar alla parametrar för den mest exakta förståelsen av varje DNA-match. Därifrån kan du granska all tillgänglig genealogisk information och kontakta den matchande personen.
 
Tänk på att DNA Matches listade längst ner som delar mycket lite till nästan inget DNA med dig kan vara resultatet av identitet med stat snarare än identitet genom nedstigning. Detta är ett tekniskt sätt att säga att dessa är falska positiva och det DNA som de delar med dig är ett resultat av slump. Börja med 3: e kusiner och gå vidare. Du borde ta DNA-matchningar med saltkorn och leta efter ytterligare uppgifter om huruvida det finns en familjeanslutning (till exempel gemensamma efternamn eller liknande geografiska platser mellan deras släktträd och din) .
 
Vänligen observera att 61cM (0,8%) som du delar med Janet Attanasio är en mycket låg delad mängd DNA och kan vara en falsk positiv, därför är det möjligt att du inte har några gemensamma etniciteter. Som en jämförelse skulle barn och föräldrar dela omkring 3 500 cM.
 
Vi kommer att fortsätta att förbättra och finjustera algoritmen regelbundet. Vi arbetar med att implementera en spännande funktionsplan, och du kan se fram emot förbättringar regelbundet. DNA-matchning på MyHeritage kommer att fortsätta bli bättre och bättre, och fler matchningar kommer att hittas som fler människor laddar upp deras DNA-data varje dag.
 


Mvh
Hans Jönsson

[Hans Jönsson]

Hej igen!

Jag skickade en fråga till (till MyHeritage):
A question on LARGEST SEGMENT:
The LARGEST SEGMENT between me and janet was 18.8 cM.
How large could a LARGEST SEGMENT be and still might be a false
positive?


Svaret från MyHeritage blev:

Please be advised that as was previously mentioned, a largest segment of 18.8 cM is one of the indicators that are taken into account when calculating a relationship, but there is a need to review all the information in the DNA match.

I have reviewed your DNA matches and I can see that after we have implemented a new DNA matching system Janet is not in the list of your suggested DNA matches. The recent improvements in DNA matching system will provide you with a more accurate and detailed information about your DNA matches. Please follow >this< link to read more about it in our blog.


Länken MyHeritage refererar till:
https://blog.myheritage.com/2018/01/major-updates-and-improvements-to-myheritage-dna-matching/



Mvh
Hans Jönsson

[Hans Jönsson]

Hej!

Jag tittade på MyHeritages senaste DNA matchningar efter de gjort sina nya algoritmer.
Träfflistan har rensats rejält.

Nu har jag haft lite tur med. Det finns en annan användare, låt oss kalla honom Mats (för han heter det) som precis som jag både kör på ftdna och MyHeritage. Så jag kan jämföra vad de båda säger om vår matchning.

MyHeritage säger:
Delat DNA: 31,8 cM
Segment: 3
Största: 14,4 cM

ftdna säger:
Delat DNA: 66 cM
Segment: 15
Största: 13 cM

Det ser ut som att MyHeritage filtrerar bort de minsta segmenten numera.

Om man nu går tillbaka till ämnet och jämför dna med etnicitet så (om ni kommer ihåg) var Janet och mina parametrar 61 cM delat och största 18,8 cM men ingen delad etnicitet.

Om jag nu jämför mig med Mats, som har mindre gemensamma värden på parametrarna, så har vi delad etnicitet. Se bilden.


Mvh
Hans Jönsson