Jag hade samma problem. Det beror lite på hur man är van att arbeta. För mej blev det en kombination av mapp-struktur och filnamn.
Jag har lagt upp fyra mappar för mm, mf, fm och ff. Därunder mappar för
bouppteckningar, kyrkböcker, mantalslängder, foton, kartor, domböcker, etc. Därunder kommer Generation 1, Generation 2, osv. Och först under rätt generation ligger första mappen med personnamn. Filnamnen består av socken-volym-från år-till år-sida och om personen flyttade runt mycket även gårdsnamn. Denna indelning med generationer har jag gjort bara där jag har mycket matrial (skannade kyrkoböcker).
Fördelen med mappar är att det är dynamiskt, såväl i bredden som djupet.